Het varend en maritiem erfgoed wordt onderverdeeld in drie groepen. Het watergebonden erfgoed in zee en rivieren, aan land en op het water.
Het maritiem archeologische erfgoed omvat in de eerste plaats het nautisch archeologisch erfgoed. Dat zijn wrakken van schepen en drijvende inrichtingen met hun lading en uitrusting, in zee, rivieren of aan land.
Dit zijn sites die vanwege hun werking of doel nauw gebonden zijn aan het water. Sluizen, getijdenmolens, visrokerijen, vuurtorens, bruggen maar ook in water verloren voorwerpen in verland gebied.
Minder bekend zijn de zogenaamde verdronken nederzettingen. Dat zijn nederzettingen die op een bepaald moment in hun bestaan door veranderingen in de kustlijn of overstromingen vergaan zijn.
Vlaanderen heeft een rijke scheepvaarttraditie. Die wordt gekenmerkt door een snelle evolutie en innovaties in de scheepsbouw. Met de inventarisatie van het varend erfgoed wordt getracht die te documenteren. Deze inventaris is een waardevolle basis voor wetenschappelijk onderzoek, maar vormt ook een onmisbaar instrument voor het beschermingsbeleid.
In 2003 werd de cel maritieme archeologie opgericht. In 2005 werd het varend erfgoed aan het takenpakket toegevoegd. De kerntaken van het huidige maritieme team zijn de studie en ontsluiting van het watergebonden erfgoed.
De kennis en informatie over het maritiem-archeologische erfgoed is verspreid. Daarom werd in 2006 de databank van maritiem-archeologisch erfgoed voorgesteld. Die bevat informatie over archeologisch erfgoed in de Belgische territoriale zee, het Belgisch continentaal plat en de Vlaamse rivieren, aangevuld met gegevens over objecten in collecties en verzamelingen.
Het Vlaamse maritiem erfgoed behoort tot een ruimere Europese context. Daarom is het VIOE ook partner in Europese projecten zoals Managing Cultural Heritage Underwater (MACHU) en Atlas2Zeeën.