De missie van het Instituut wordt verwoord in 5 kernzinnen:
Wetenschappelijk onderzoek is de belangrijkste opdracht van het VIOE. Dat onderzoek is beleidsgericht: het wordt uitgevoerd naar aanleiding van een concrete vraag of noodzaak en vormt de wetenschappelijke basis voor het erfgoedbeleid van de Vlaamse overheid.
Als basis voor dit wetenschappelijk onderzoek en hulpmiddel voor het beleid (bvb. met het oog op de bescherming van het erfgoed) beheert en ontsluit het VIOE uitgebreide inventarissen van het bouwkundig erfgoed, archeologische vindplaatsen, landschap en maritiem en varend erfgoed.
De onderzoeksresultaten worden verspreid naar de wetenschappelijke wereld via het eigen tijdschrift Relicta en toonaangevende nationale en internationale vaktijdschriften. Met lezingen, studiedagen, openwerfdagen, tentoonstellingen en andere educatieve projecten voor jong en oud wordt ook een ruimer publiek geïnformeerd.