Het VIOE werd opgericht op 1 maart 2004 bij Besluit van de Vlaamse Regering (5 maart 2004, gewijzigd 23/06/2006) als een Vlaamse Wetenschappelijke Instelling (VWI).
Het VIOE heeft het statuut van Intern Verzelfstandigd Agentschap (IVA) zonder rechtspersoonlijkheid binnen het Beleidsdomein Ruimtelijke ordening, Wonen en Onroerend erfgoed (RWO). Samen met de voor het onroerend erfgoed bevoegde diensten van het departement RWO en van de IVA’s R-O Vlaanderen en Inspectie RWO, situeert de VIOE-werking zich binnen het beleidsveld Onroerend Erfgoed, dat onder de directe bevoegdheid valt van de minister bevoegd voor Onroerend Erfgoed.